草庵始建于宋绍兴年间，初为草筑，故名。元至元五年（1339年），明教教徒将其改为石构，单檐歇山式石室，面宽三间，进深二间，檐下用单挑华拱。草庵石室经历代重修，现在外观已有所改变，但在内部结构上仍保持其石柱石梁，上覆石椽的原状。石室背后巨岩耸峙，林荫遮掩。庵前有山涧流水，古桧数株，更添几分清净情致。正厅内依崖凿一圆形化合佛，圈内浮雕一尊坐寺像，背雕毫光四射纹饰，世称“摩尼光佛”，该佛脸、身、手呈现三种不同的色调，给人一种神化感，颇为引人注目。1961年，草庵寺被国务院定为全国第一批重点文物保护单位。
摩尼教是公元三世纪中叶波斯人摩尼创立的一个宗教。他吸收了琐罗亚斯德教（袄教）、佛教、基督教等多种宗教的成分，以“二宗三际”为其核心，所谓二宗即光明与黑暗，三际即光明王国和黑暗王国分离的初际、二者相互混战的中际和二者秩序重置的后际；主张善恶二元论；崇尚光明，反对黑暗，亦称“明教”。
摩尼教创立之初，曾在萨珊波斯帝国境内广为传播，并迅速传入北非、欧洲、小亚细亚、中亚一带，并经由中亚传入中国内地；从大西洋西岸直到中国东南沿海，都有过其教徒活动。该教在西传时逐步基督教化，在东传时则日益佛教化。在中国，直至17世纪的史料中还能找到它的痕迹。被不少人称为“道德宗教”的摩尼教，确曾以世界宗教的面貌盛行于中古的亚、非、欧洲，给当时的社会带来巨大的影响。据《朱元璋传》记载，明代初年，明教武装暴动，给政府军打垮了，侥幸逃生的人一部分逃到福建，朱元璋以教名上逼国号为由下令禁止，并拆毁各地摩尼教寺庙，泉州晋江摩尼教寺庙和摩尼佛造像幸免于难，是中国现存唯一一座摩尼教寺庙。
然而，曾对世界范围有巨大影响的摩尼教，其留存于世的文献资料相对不多，图像资料更是稀少，而晋江的草庵，是“当今世界保存下来的唯一摩尼教寺”（林悟殊《金庸笔下的明教与历史的真实》）；而其草庵石室内所保存的摩尼光佛造像，是我国目前仅存的摩尼教石刻佛像。做为研究世界宗教史和中外交通史的重要实物依据，这座摩尼教寺庙令世界宗教界和学术界所关注。
1991年联合国教科文组织的“海上丝绸之路”考察队在泉州考察期间，于2月16日下午考察了晋江草庵摩尼教遗址。当考察队成员迪安博士看到庵内那尊目前世界上唯一的摩尼光佛雕像时，激动地向中外学者、记者宣布：“这是海上丝绸之路考察活动的最大发现，最大成就。”他说：草庵是摩尼教非常重要的一个遗址，其他地方虽也发现过摩尼教遗址，但不能与草庵相比拟，这尊摩尼光佛像造型独特，在世界亦属仅见。这次发现，具有世界性和历史性的意义。尔后，在首届世界摩尼教学术讨论会上，这尊摩尼光佛的石雕，成了大会的吉祥物，成了大会的会徽图案。
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