中国历史上的摩尼教即明教，也叫牟尼教、明尊教、是波斯人摩尼在公元3世纪所创立，当时大约相当于中国的魏晋时期。唐代摩尼教传入中国，以后逐渐发展起来。摩尼教教义的核心，是说在世界的一开始，就有光明和黑暗两个王国并存着，光明占据北、东、西三方，黑暗占据南方。在光明王国里，光明、善美、和平、秩序、洁净，摩尼教经典《下部赞》“叹明界文”说：
光明普遍皆清净，常乐寂灭无动诅；
彼受欢乐无烦恼，若言有苦无是处。
常受快乐光明中，若言有病无是处。
如有得住彼国者，究竟普会无忧愁。
处所庄严皆清净，诸恶不净彼元无；
快乐充遍常宽泰，言有相陵无是处。
光明王国的统治者，波斯称为察宛（意为永恒），东土称为明父、大明尊。黑暗王国到处充满烟火、闷气、飓风、污泥、毒水，由黑暗魔王统治，住着五类魔，整天沉溺在情欲和争吵之中。光明和黑暗数次大战，黑暗魔王使恶魔生下了人类的祖先。因为人类是黑暗之魔的子孙，大明尊便派遣光明使者，用光明分子来拯救人类的灵魂。
到了宋代，摩尼教被意译为“明教”，教义被简明地归纳为“清净、光明、大力、智慧”八个字。教众中有农民、秀才、吏员、兵卒、绿林好汉、江洋大盗、武林俊彦等。教徒白衣乌帽，秘密结社，共同尊奉明使为教内尊神。当时因为处于秘密状态，教名也有了多种别称，除浙江称摩尼教、福建称明教外，据陆游《渭南文集》卷五《条对状》，淮南称二桧子，江东称四果，江西称金刚禅，福建又称揭谛斋等。
明教在宋元时期进一步和中国本上文化结合起来，成为下层人民和江湖对抗朝廷的秘密斗争形式，由于明教长期受到朝廷压抑，行事极为诡秘，有时也为江湖“白道”所误解，比一般的江湖面临着更大的压力，因此反抗朝廷也更坚决，在历史上几次掀起大的波澜。
第一次是北宋末年，方腊利用摩尼教组织群众，举行了声势浩大的起义，震动东南半壁河山。第二次是南宋以后，明教和白莲教相联结，在元末农民战争中充当了重要角色。元末农民大起义中的红巾军，多白莲教徒，首领韩林儿又称“小明王”，这个“明”又与明教有关。
后来的明太祖朱元璋，当时也是白莲教和明教中人。只是他取得大权以后，因为深知秘密教派的厉害，逐渐与两教不大和睦。等到他当上皇帝，便采纳李善长的建议，下诏严禁白莲社、明尊教，并把取缔“左道邪术”写进《明律》十一《礼律》，用法律形式固定下来。其后，白莲教以各种支派的形式变换名目继续得到发展，明教却逐渐衰落了。在武侠小说中，由于金庸的武侠名著《倚天屠龙记》写到明教，使明教蜚声一时，成为侠的文化形式中秘密教派的一个典型。
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