日本进入镰仓幕府时期（1192～1333）以后，确立了以封建领主经济为基础的武士统治体制。宗教界旧有的佛教宗派如天台宗、真言宗等日见衰微，而新成立的净土宗、真宗、日莲宗以及新从中国传入的临济宗、曹洞宗正在迅速传播，在神道界也出现了反对佛教的神道学派，其中影响大的有：
1、伊势神道。14世纪由伊势神宫外宫祠官度会行忠、度会常昌等创立，故亦称外宫神道或度会神道。否认本地垂迹说，提出系统的以神道为主体，以儒、佛、道为从属的神道理论。认为宇宙的本原神是国常立尊，其创造万物的神妙作用称做天御中主神，二神共为一体。
宇宙本原神具有五行之首的水德，而伊势外宫所奉的丰受大神是水神和食物神，与天御中主神也是同体；伊势内宫所奉的天照大神是日神，具有火德，与丰受大神互相依存；并强调神皇一体思想，认为“大日本者，神胤也。……神者君之内证，垂慈悲而同尘；君者神之外用，昭俭约而治国”。他们还注重封建道德的宣传。主要文献是《神道五部书》。
2、吉田神道。由室町时期文明年间（1469～1487）京都吉田神社的祠官吉田（祖姓卜部）兼俱创立，也称卜部神道、唯一神道（谓日本自古唯有神道，“纯一无杂”）。反对“佛主神从”的神道学说，认为宇宙的根本神是太元尊神，《日本书纪》中称之为国常立尊，它是万物的本体；不是神为佛的化身，而是佛为神的化身。
神道是安人心，防鬼神之道；人心有喜、怒、哀、乐、爱、恶、欲七个机能，人身有生、长、病、老、死五种机能，而要使这些机能表现正常，就应作“内外清净”的修行。自称所创神道是无本宗源神道、大日该国固有之神道。主要文献是《神道大意》、《唯一神道名法要集》。
佛教初传入日本时，神道教信徒甚为反对。由大陆渡来的有力氏族，例如苏我氏，支持佛教。日本本土的氏族，物部氏和中臣氏拥护神道教，反对佛教。佛教僧侣具有大陆先进的知识，天皇因此支持佛教，一时神道教失势。然至8世纪末，佛教僧的权力亢进，天皇欲抑制佛教的势力，因而神道教再度得势，两种宗教逐渐互相混合。
至明治时期，百姓等信仰两宗教。于是佛教寺院和神道教的神社，两者浑然。例外的是伊势神宫，供奉天皇的祖先，属于古神社。至江户时代末期，国粹的神道理论家宣称，两者不能相混。明治初年，兴“废佛毁释运动”。神道教成为国家的宗教。虽明治政府承认信教的自由，但崇拜神道教成为日本国民的义务，成为统治国民的手段。当时在日语中称为“国家神道”。
从江户时期元禄年间（1688～1703）到明治维新，由国学者荷田春满倡导，中经贺茂真渊、本居宣长至平田笃胤完成复古神道的学说体系，反对神道教依附于佛教或儒教，反对用儒佛思想解释日本古典和神道，主张依据日本经典《古事记》、《日本书纪》等来探明日本神道教的本义。
认为宇宙万物的创造神是天御中主神，世界分为显（现世）、幽（死后世界）两界，现实世界由天照大神的子孙天皇统治，而死后的世界由大国主命统治。人死后要在幽界接受审判。根据生前的不同行为得到不同的结果；为善成神者将长生不死。
认为伦理纲常中孝道最重要，广义的孝包括孝父母、敬神和忠于天皇。鼓吹日本民族是天照大神的后裔，当统治世界，其国体皇位尊严无上。其思想对明治维新王政复古有很大影响，也是近代神社神道的主要理论依据。主要文献有荷田春满的《创学校启》，本居宣长的《直毗灵》、《玉百首》、《百事记传》，平田笃胤的《古道大意》、《俗神道大意》等。
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