两部神道
亦称两部调合（原文作习合）神道或真言神道。两部指佛教真言宗所说的金刚界、胎藏界，调合指佛教、神道教融合一体，如日本《罗山文集》卷六十九：“所谓两部习合神道，乃最澄、空海等之沙门，以佛法合于佛道，以胎藏、金刚两界合于阴阳，遂以为神佛本迹一体。”这种神道学说是以本地垂迹理论为指导，用真言宗“金胎（金刚界和胎藏界）不二”思想为基础建立起来的。
认为世界万有的基本要素是金刚界（智、心、识）和胎藏界（理、色、地、水、火、风、空），而大日如来是统一金、胎两部的本体，一切皆为大日如来的化身。伊势神宫内宫所祀天照大神为胎藏界的大日如来；外宫所祀丰受大神为金刚界的大日如来。从镰仓到室町时期（约13～15世纪），教理逐渐系统化。主要文献有《丽气记》、《中臣祓两部钞》等。
天台神道
亦称日吉神道（因所奉山王在日吉神社）、山王一实神道。以天台宗空、假、中三谛圆融教义为基础而建立。认为释迦牟尼是一切神、一切存在的本体，也是日本天台宗大本山比睿山保护神山王的本体；山家（天台宗）的山字的竖三画即空、假、中三谛，横一画即一字，这是三谛即一之意；同样，山王的王字的横三画为三谛，竖一画为一，也是三谛即一。日本天台宗用这种学说来论证神佛同体之义。主要文献有《山家要略记》、《三宝住持集》等。
反佛教神道学派
日本进入镰仓幕府时期（1192～1333）以后，确立了以封建领主经济为基础的武士统治体制。宗教界旧有的佛教宗派如天台宗、真言宗等日见衰微，而新成立的净土宗、真宗、日莲宗以及新从中国传入的临济宗、曹洞宗正在迅速传播，在神道界也出现了反对佛教的神道学派，其中影响大的有：
伊势神道。14世纪由伊势神宫外宫祠官度会行忠、度会常昌等创立，故亦称外宫神道或度会神道。否认本地垂迹说，提出系统的以神道为主体，以儒、佛、道为从属的神道理论。认为宇宙的本原神是国常立尊，其创造万物的神妙作用称做天御中主神，二神共为一体。
宇宙本原神具有五行之首的水德，而伊势外宫所奉的丰受大神是水神和食物神，与天御中主神也是同体；伊势内宫所奉的天照大神是日神，具有火德，与丰受大神互相依存；并强调神皇一体思想，认为“大日本者，神胤也。……神者君之内证，垂慈悲而同尘；君者神之外用，昭俭约而治国”。他们还注重封建道德的宣传。主要文献是《神道五部书》。
吉田神道。由室町时期文明年间（1469～1487）京都吉田神社的祠官吉田（祖姓卜部）兼俱创立，也称卜部神道、唯一神道（谓日本自古唯有神道，“纯一无杂”）。反对“佛主神从”的神道学说，认为宇宙的根本神是太元尊神，《日本书纪》中称之为国常立尊，它是万物的本体；不是神为佛的化身，而是佛为神的化身；神道是安人心，防鬼神之道。
人心有喜、怒、哀、乐、爱、恶、欲七个机能，人身有生、长、病、老、死五种机能，而要使这些机能表现正常，就应作“内外清净”的修行。自称所创神道是无本宗源神道、大日该国固有之神道。主要文献是《神道大意》、《唯一神道名法要集》。
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