基督教从传入中国这块古老而神秘的土地开始，就经历了与中国固有儒家文化及佛教文化的冲突与融合的风雨飘摇的过程。在冲突中实现融合，在融合中产生冲突。一方面，基督教不断改铸自己，逐渐适应环境；另一方面，中国知识分子和民众也渐渐习惯了这个外来“尤物”。在这一过程中，基督教和中国民众都付出极大的代价。但终于，基督教在中国得以延续和发展，今天已成为中国宗教结构的重要组成部分，且逐渐融合进中国文化之中。
原有的三教九流的格局被打破。今天，中国宗教信仰可以说是“五教至尊，弘化世界”了。佛教的“慈悲”、儒学的“忠恕”、道教的“自然”、基督教的“博爱”、伊斯兰教的“清真”，直扣一般信众的心扉。明末清初，西洋教士常以调和的方法在中国传教。对中国之陋俗迷信，予以迁就，或加以曲解，以迎合基督教教义。对于下层社会，他们常以浅易演说宣讲福音。其于上流社会，常以科学打动人心。可见，古旧中国的信仰，比起列国，何等顽强，对此我们并不感到自豪。祖先崇拜、孝思之念、设立灵堂、郊天之礼，本属迷信。传教士却认为乃无害民俗。只是“五四”以后，中国人自己才将其克胜。
基督教在西方是作为一种革命性因素而出现的。这里所说的“革命”，乃是文化、宗教、伦理意义上的革命。它打破了罗马帝国的家长制、父权制，扫除了民族主义壁垒和狭隘意识，确立了一神论和人人平等的博爱观念。这种宗教传到中国，就对中国封建大一统制度下的纲常名教构成破坏性、革命性力量。但这并不是说，传教士曾经满怀着“颠覆”和“革命”的动机向一个封建性王朝大胆发难。不，他们不仅不具有革命意向，而且，在某种程度上还是相当保守的。
基督教传教士往往一厢情愿地结交封建官僚绅士，但许多官宦文人却总是怀疑他们是社会“骚乱”的传播者，怀疑他们腹有鳞甲，对他们表示不欢迎。利玛窦“援儒”、“合儒”，尊崇儒家敬天祭祖的惯例，林乐知的“孔子加耶稣”的思想，某些传教士不是面向大众，而是走“宫廷路线”，这一切表明他们并不想触动封建社会基石的一丝一毫，不敢对传统礼俗和信念发出稍许疑问。不过他们这样做，的确有利于基督教在中国逐渐站稳脚跟。
另一方面，顽固守旧的封建官绅中一些人，似乎也看到了基督教的理论与实践确实会在不知不觉中危及封建制度的安全。尽管从法律上讲，他们所捏造的传教士“图谋不轨”、“谋我中华”的罪名大都不能成立，但从思想与文化方面来看，他们的疑虑和惊惧也许不无道理。
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